FØJO tog i slutningen af 90'erne en række initiativer med henblik på at støtte udviklingen af forskningsmetodik i økologisk jordbrug. FØJO har således afholdt og deltaget i danske og europæiske workshopper om kvalitetskriterier for forskning i økologisk jordbrug og om forskningsmetodik og systemisk tænkning i forhold til økologisk jordbrug.

Udviklingen af forskningsmetodik har involveret både forskere og repræsentanter fra den økologiske bevægelse med henblik på gensidig uddannelse, inspiration og selvrefleksion i en fortløbende proces. Til støtte for den mere specifikke udvikling af forskningsmetoder, der sker i de enkelte projekter, har FØJO for eksempel afholdt en workshop i 1999 om brugen af økologiske forsøgsfaciliteter som forskningsbedrifter, forsøgsarealer og langtidsforsøg.

Den nuværende opfattelse af forskningskvalitet og værdier blandt forskere i økologisk jordbrug blev undersøgt af FØJO i en interviewundersøgelse udført i 1999-2000. Og de mere filosofiske aspekter af helhedsorienteret forskning blev behandlet i dybden i et ph.d.-projekt, der blev afsluttet i november 2000. Afhandlingen omhandler to områder af relevans for forholdet mellem videnskab og værdier: Systemisk forskningsmetodik og undersøgelser af værdispørgsmål. Arbejdet på disse to områder forstsætter i de kommende år for yderligere at udvikle FØJOs forskningsparadigme.